Năm 2067, bảy năm sau khi cuộc chiến tại Frontier kết thúc, thế giới đã bước vào thời đại hòa bình mới. Tuy nhiên, niềm hy vọng ấy tan vỡ khi một mối đe dọa mới xuất hiện: một phi thuyền không người lái khổng lồ mang tên “Varauta” tấn công Trái đất. Lũ điệp viên khủng bố “Desch” xuất hiện, ngày đêm gây ra những cuộc tấn công tàn bạo và tàn khốc. Để chống lại thế lực quân phiệt Desch, Cơ quan Vũ trụ Liên Hiệp Quốc (UNSOF) lập tức tung ra một máy bay chiến đấu mới, được mệnh danh là “Walküre”, đồng thời khôi phục lại Project F-22A Raptor nhằm tạo ra những phi công Valkyrie mới. Trong đội quân Walküre xứng tầm này, Makina Eizo – một cô gái trẻ có tài năng phi thường, trở thành trung tâm của câu chuyện. Thuyền trưởng của Walküre, Hayate Immelmann, cùng với những phi công tài năng khác, đứng lên đối đầu với mối hiểm nguy khổng lồ này.
Macross Delta tiếp nối truyền thống của Macross Frontier, mang đến cho khán giả những màn chiến đấu bằng máy bay Valkyrie mãn nhãn. So với các bản tiền nhiệm, Macross Delta diễn ra với nhịp độ nhanh hơn, chiến đấu kịch tính hơn, và những màn biểu diễn đầy cảm xúc. Hơn nữa, phần âm nhạc trong Macross Delta cũng rất nổi bật, với những bản ballad lãng mạn, những bài thuần tuý vui tươi sôi động và đầy mê hoặc. Nổi tiếng với những bản nhạc gắn liền với cảm giác hưng phấn mãnh liệt, tứa ra những giai điệu đầy cảm xúc, Macross Delta tiếp tục là một tác phẩm âm nhạc tuyệt vời.