Hồ Sơ Tuyệt Mật (Phần 9) xoay quanh những đau khổ của Đặc vụ Scully khi thực hiện nhiệm vụ đi tìm kiếm kẻ bắt cóc con trai William. Lần này, Mulder đã bị bắt cóc, nhưng anh ta chọn biến mất để che thân. Điều này khiến Đặc vụ Doggett vô cùng thất vọng, anh ta cố gắng đểth điều tra chống Phó Giám đốc Kersh, nhưng cuối cùng cũng được Scully và Skinner thuyết phục từ bỏ. Mặc dù Scully và Doggett cùng Reyes hợp tác trong một số vụ án, nỗi lo về an toàn của William vẫn ám ảnh Scully. Cô càng lo lắng khi biết một giáo phái có ý định giết William. Scully cố gắng tìm kiếm sự giúp đỡ từ Lone Gunmen, song William vẫn bị bắt cóc ngay trước mắt cô. Kịch bản buộc Scully phải đưa ra một quyết định đau lòng. Ngay trong giờ phút đen tối nhất, tin vui đến khi Mulder được tìm thấy, nhưng anh ta đang bị giam giữ trong một quân đội vì tội giết một người đàn ông không thể chết. Cuộc hành trình của Scully và Doggett trong phần 9 của Hồ Sơ Tuyệt Mật đầy những nghịch lí và đầy thử thách căng thẳng, khiến người xem phải tự hỏi liệu sự thật có thực sự tồn tại hay không.