Lớp Học Điệp Viên hứa hẹn một chuyến phiêu lưu hành động kịch tính xoay quanh cuộc đời Lily, một cô gái sở hữu vẻ đẹp hút hồn và mái tóc trắng như tuyết. Lily là sinh viên của một học viện đào tạo điệp viên, nơi nức tiếng với những tài năng trẻ tiềm năng, nhưng cô nàng lại chẳng có bất kỳ kỹ năng thực tế nào để tự hào. Việc tốt nghiệp của Lily rơi vào cảnh ảm đạm cho đến khi cơ hội quan trọng xuất hiện: được gia nhập đội bí ẩn Tomoshibi và tham gia vào Nhiệm vụ bất khả thi. Lòng mong chờ của Lily tan biến ngay khi cô đặt chân đến Cung điện Kagerou, nơi ẩn chứa những bí mật tối tăm. Mục đích thực sự của Tomoshibi và tình thế vô vọng mà đội đang phải đối mặt được hé lộ ra, khiến Lily bàng hoàng. Cô gái trẻ phải đương đầu cùng số phận cùng với những nữ điệp viên có vấn đề khác, dẫn đầu bởi một thanh niên bí ẩn đầy khiêu khích.
Đây không phải là cuộc vượt ngục lý tưởng như Lily từng tưởng tượng. Dù vậy, cô gái xinh đẹp với trắc nghiệm cuộc đời bất đắc dĩ bắt đầu thỏa mãn con tim khi cô vừa xuất sắc, vừa cảm động, và sẵn sàng xả thân vì mục tiêu của Tomoshibi. Lớp học điệp viên vốn tưởng chừng vô nghĩa, nay lại mang đến cho Lily nhữnglessons of life, những trải nghiệm đánh thức tiềm lực ẩn giấu, và cả tình bạn đầy sức sống với những đồng đội bất thường.
