Sau khi X-Files bị đóng cửa, Mulder và Scully giờ đây phải đối mặt với cuộc sống thường nhật. Scully dành thời gian để truyền đạt kiến thức và kinh nghiệm của mình cho thế hệ đặc vụ FBI tiếp theo tại Học viện FBI ở Quantico, Virginia, trong khi Mulder, với tâm hồn cháy bỏng vẫn khao khát giải mã sự thật, được giao nhiệm vụ giám sát. Nhưng cuộc sống bình thường dường như không phải là môi trường phù hợp với Mulder. Anh tiếp tục thu thập thông tin bí ẩn, được dẫn dắt bởi Đặc vụ Alex Krycek, một người anh tin tưởng lẫn nghi ngờ, và một nguồn thông tin bí ẩn mang tên X. Để duy trì sự nhiệt huyết của mình, Mulder đấu tranh với những suy nghĩ mơ hồ về sự thật, luôn tin tưởng rằng những bí ẩn còn nhiều hơn những gì đã được khám phá. Song song đó, Scully cũng trải qua những biến cố mang tính cá nhân sâu sắc. Một cuộc gặp gỡ bất ngờ với một bí ẩn và một hành trình mang tính thời gian và lịch sử đưa Scully đến một cuộc khám phá mới mẻ, nơi cô nhận ra những hiểm nguy chưa từng có và cũng là nơi cho phép cô tái hiện lại cảm xúc mà Mulder đã mang lại cho cô. Cuối cùng, cả hai sẽ được đưa trở lại con đường của nhau, những cuộc chạm trán này không chỉ mang đến cho họ sự đoàn tụ mà còn tạo nên một mối quan hệ sâu đậm hơn bao giờ hết.
