Phù Thủy Của Laplace xoay quanh cuộc điều tra của cảnh sát xoay quanh vụ chết bất thường của hai người tại một suối nước nóng. Nghi ngờ những cái chết xảy ra phải là do hành vi tai ác, cảnh sát kêu gọi sự giúp đỡ của Shusuke Aoe, một nhà địa lý học chuyên gia nổi tiếng. Aoe nhận nhiệm vụ xác minh xem những cái chết này là do tai nạn vì tự nhiên hay là do bị sát hại. Trong quá trình điều tra, Aoe gặp gỡ Madoka Uhara, một cô gái bất thường có khả năng dự đoán các hiện tượng tự nhiên một cách chính xác đến kinh ngạc. Ngay lập tức, các dự đoán của Madoka về chuyện sắp xảy ra khiến cảnh sát nghi ngờ cô ta có liên quan đến những vụ việc liên tiếp. Một vụ án thứ ba ập đến, mang theo nguy hiểm và sự bí ẩn sâu sắc. Phù Thủy Của Laplace hứa hẹn là một cuộc hành trình đầy những khúc quanh, khám phá những bí mật đáng sợ trong hòng tìm ra sự thật về những cái chết kỳ bí ấy và bóng ma của những dự đoán không thể giải thích được.