Thị trấn Smallville vẫn còn chìm trong những bí ẩn và thử thách trong phần hai của siêu mùa này. Huyền thoại về Clark Kent tiếp tục phát triển mạnh mẽ hơn bao giờ hết, khi anh vướng vào những câu hỏi về số phận của mình. Hắn được gửi đến Trái đất với sứ mệnh gì? Là để cứu nhân loại hay hủy diệt nó? Niềm tin chập chững của Clark về bản thân qua những biến cố lớn nhỏ cuối mùa một bị rạng rỡ bởi những lời tiên tri và khả năng mới Mỗi mảnh ghép của quá khứ bị phơi bày thêm, đưa Clark đến gần hơn với lẽ thật nhưng cũng đẩy anh vào những rối ren nguy hiểm hơn. Chưa dừng lại ở đó, những mối quan hệ xung quanh Clark cũng trải qua những thay đổi to lớn. Lana và Clark ngày càng gần gũi với nhau, mối tình của họ nhen nhóm mạnh mẽ, trái ngược hoàn toàn với cái kết bất ổn của Lex với sự kết hôn chóng vánh. Lionel Luthor, kẻ luôn âm mưu, tiếp tục lôi kéo Chloe vào thế giới bóng tối của mình, biến cô nàng thành một chiêu trò nguy hiểm. Nhà Kents, nguồn an ủi và động lực cho Clark, nhận được một tin tức kỳ diệu, mang lại niềm hy vọng nhưng cũng ẩn chứa được điều bí ẩn. Pete, người bạn thân nhất của Clark, rơi vào cảnh ngàn cân treo sợi tóc, buộc phải gánh vác bí mật của cậu bạn thân, trở thành người trung gian giữa thế giới bình thường và thế giới siêu năng lực. Cánh cửa của bí ẩn mở rộng ra, đưa Seasonal cho trải nghiệm siêu thực và hứa hẹn những tình tiết nóng bỏng sẽ diễn ra trong phần hai của Smallville.
