Thị Trấn Smallville, mùa thứ sáu, tiếp tục những câu chuyện đầy kịch tính xoay quanh cuộc đời của Clark Kent. Kiệt sức và bị giam cầm trong Phantom Zone, Clark buộc phải tìm cách thoát khỏi vùng đất bí ẩn này. Trong thời khắc quan trọng như thế này, một đồng minh bất ngờ xuất hiện, lấp đầy hi vọng cho chàng trai có khả năng siêu nhiên. Khỏi tù, Clark nhận thức được một mối đe dọa nghiêm trọng đang rình rập Trái đất: những tù nhân nguy hiểm đã theo chân anh ta từ Phantom Zone. Chuyến hành trình huấn luyện diễn ra trở nên cấp bách hơn bao giờ hết khi Clark phải đối mặt với những kẻ thù bấp bênh, nguy hiểm tiềm ẩn.
Rắc rối của Clark càng rộ lên khi một kẻ thù tài năng mới xuất hiện tại Smallville: Mũi tên xanh, với bộ kỹ năng và khí chất khiến anh phải dè chừng. Trong khi đó, tình yêu và mối quan hệ của Lex Luthor và Lana Lang thăng hoa, nhưng niềm hạnh phúc ấy lại càng nóng bỏng hơn bởi sự ám ảnh, nghi ngờ và những bất đồng đầy kình địch đang trực chỉ vào Clark. Những bước đệm bước ngoặt của họ có thể trở thành con dao hai lưỡi, hủy hoại mọi thứ họ đang cất công xây dựng. Khi mùa giải tiến triển, sự cạnh tranh giữa Clark Kent và Lex Luthor bùng nổ thành một cuộc đại chiến thiện ác đầy khốc liệt, một cuộc chiến thổi bùng từ những bóng ma của quá khứ và hứa hẹn mang đến những cú xoáy giật gân cho cuộc sống yên bình của Smallville.
